W ślad za oddziałami 11. Armii na Krym wkroczyła Einsatzgruppe D. Była to specjalna grupa operacyjna SD i policji bezpieczeństwa, której zadaniem była eksterminacja Żydów, komunistów oraz wszystkich innych prawdziwych lub domniemanych przeciwników niemieckiego panowania. Wchodzące w jej skład Sonderkomando 10b znalazło się na Krymie już w pierwszych dniach listopada; jego obszarem operacyjnym było wschodnie wybrzeże półwyspu (okolice Teodozji i Kerczu). W tym samym miesiącu w Jałcie ulokowało się Sonderkommando 11a. Z kolei Sonderkommando 11b wkroczyło na Krym w połowie listopada, by w połowie grudnia zająć kwatery w Symferopolu. W tym samym mieście ulokował się dowódca Einsatzgruppe D SS-Standartenführer Otto Ohlendorf wraz ze swym sztabem.
W wielu regionach ZSRR, które podobnie jak Krym były znacznie oddalone od ówczesnej granicy niemiecko-sowieckiej, znaczna liczba Żydów zdołała się ewakuować. W przypadku półwyspu okazało się to jednak o wiele trudniejsze. Przyczyną było szybkie przecięcie przez Wehrmacht lądowych szlaków ewakuacji, zbyt mała liczba statków, a także fakt, że w czasie ewakuacji drogą morską pierwszeństwo przyznano wojskowym. Prawdopodobnie Krym zdołało opuścić nie więcej niż 15–20 tys. Żydów. Pod niemiecką okupacją znalazło się ich około 45 tys.