Upadek Rzeczypospolitej i polityka władz zaborczych doprowadziła do niemal całkowitego upadku zakonu karmelitów w Polsce. Po trzecim rozbiorze utworzono z konieczności prowincję ruską (ostatecznie zlikwidowaną w 1832 roku). Dekrety kasacyjne: józefiński i carski prowadziły do usuwania zakonników z klasztorów i przejmowania mienia zakonnego. Zniesiono prawo egzempcji, nadzór przekazano biskupom i konsystorzom. W 1784 skasowano klasztor w Przemyślu, a kościół przekazano grekokatolikom. W 1797 roku karmelici krakowscy zostali wygnani z konwentu św. Michała i osiedli w Czernej. W 1844 zlikwidowano prowincję litewską. Ostatnie wspólnoty zostały rozwiązane po powstaniu styczniowym, co doprowadziło do zniesienia prowincji polskiej karmelitów bosych w 1864 roku.
Jedynym klasztorem, który przetrwał był konwent w Czernej. W 1875 roku został przyłączony do semiprowincji austriackiej. Przez lata klasztor znalazł się dramatycznej sytuacji, zarówno pod względem ekonomicznym, jak i duchowym. Nieliczni bracia prowadzili styl życia zakonnego daleki od karmelitańskiego charyzmatu. W 1880 roku zgromadzenie liczyło zaledwie 5 członków. Mając na celu uratowanie czerneńskiego konwentu do wspólnoty dołączyli bracia z innych klasztorów, głównie z Wiednia. Rozpoczęto proces odnowy i powrotu do ideałów życia klasztornego. mały|św.