Studia teologiczne Jesienią 1900 r. podjął wyższe studia teologiczne w Moskiewskiej Akademii Duchownej. Ukończone wcześniej studia uniwersyteckie dawały mu prawo do rozpoczęcia nauki od II roku, jednak za radą rektora uczelni, biskupa Arseniusza (który został jego opiekunem duchowym), zrezygnował z tej możliwości. Na pierwszym roku nauki uzyskał niskie wyniki – pod względem ocen był 36. spośród 53 studentów. Już w momencie podjęcia studiów teologicznych prosił o zgodę na złożenie przezeń ślubów mniszych, jednak biskup Arseniusz zgodził się spełnić tę prośbę dopiero po roku. Przyszły patriarcha złożył przed nim śluby małej schimy 9 lutego 1901 w Skicie Getsemańskim, jednej z filialnych placówek Ławry Troicko-Siergijewskiej, otrzymując imię zakonne Aleksy na cześć św. Aleksego, metropolity Moskwy. 17 marca tego samego roku został wyświęcony na hierodiakona.
Pracę kandydacką, kończącą studia teologiczne, Aleksy (Simanski) poświęcił poglądom metropolity moskiewskiego Filareta. Wybór tematu nie był przypadkowy: kult Filareta był szczególnie silny w rodzinie Simanskich, przyszły patriarcha pozostawał do końca życia jego czcicielem. Praca zyskała wysokie oceny. W 1903 r. został hieromnichem.