Pomagał też w parafii dziewiałtowskiej, gdzie w tym czasie nie było stałego pastora.
Od 1836 roku był nauczycielem religii i łaciny w II Gimnazjum Wileńskim, uczył także niemieckiego na pensjach dla dziewcząt oraz udzielał prywatnych lekcji języków.
W 1839 odwiedzał w więzieniu Szymona Konarskiego, udzielając mu wsparcia jako duchowny i 27 lutego odprowadził go w miejsce egzekucji.
Po śmierci Rafała Downara został ordynowany w 1855 na superintendenta wileńskiego, będąc także w dalszym ciągu kaznodzieją w zborze wileńskim.
W roku 1857 został wybrany na superintendenta generalnego i pozostał nim aż do śmierci w 1879. Czas jego urzędowania przypadł na trudny okres, gdyż po sekularyzacji w latach 1841–42 majątków kościelnych dochody Jednoty znacznie spadły. Lipiński wykorzystywał koneksje rodziny żony, córki pułkownika wojsk carskich oraz własne kontakty w celu ograniczenia skutków tej decyzji. Dzięki tym działaniom, wspomaganym przez innych członków wspólnoty, udało się uzyskać przekazanie dochodów z zabranych majątków Jednocie, choć ich zarząd pozostawał w rękach władz carskich.