W styczniu 1538 roku, gdy Beatrice miała zaledwie dwadzieścia osiem lat, Francisco zmarł. W swoim testamencie Francisco podzielił swój majątek między Beatrice a swoim bratem i partnerem biznesowym, Diogo. Później Beatrice poprosiła papieża o przeniesienie prochów Francisco na nowe miejsce. Po uzyskaniu zgody przeniosła je na Górę Oliwną w Jerozolimie.
Antwerpia Kilka lat przed śmiercią Francisco w 1538 roku, jego brat, Diogo, otworzył oddział swojego domu handlowego w mieście Antwerpia razem ze swoim krewnym Abrahamem Benveniste. Niedługo po śmierci Francisco, Beatrice Mendes przeniosła się do Antwerpii, aby dołączyć do Diogo wraz z jej małą córką, Aną (przyszłą żoną Josepha Nasi) i jej młodszą siostrą, Briandą de Luna. Przeprowadzka z Lizbony była również właściwym krokiem ze względu na zmieniający się krajobraz polityczny w Portugalii, kiedy to od 23 maja 1536 roku papież Paweł III rozkazał utworzenie portugalskiej inkwizycji.