Śmierć w 1398 Ludwika I i niespełna rok później Henryka VII z Blizną uczyniła Ruperta głową rodziny Piastów legnicko-brzeskich. Umożliwiło to Rupertowi zostanie mediatorem w sporach śląskich dynastów (w 1399 był mediatorem między książętami opolskimi a biskupem lubuskim Janem Borschnitzem, zaś w 1400 pośredniczył w ugodzie między synami Ludwika I o podział ojcowizny).
17 lipca 1402 Rupert został wybrany we Wrocławiu naczelnikiem ogólnośląskiego związku obronnego, mającego zapobiec anarchii powstałej po uwięzieniu króla Wacława IV.
W polityce wewnętrznej jednym z podstawowych problemów panowania Ruperta była konieczność spłacenia olbrzymich długów odziedziczonych jeszcze po ojcu i dziadku (z powodzeniem) i kwestia unikania zadrażnień z Kościołem katolickim (co w związku z objęciem biskupstwa wrocławskiego przez brata Wacława II nie sprawiło kłopotów).
Tak jak stryj Ludwik, Rupert I był hojnym mecenasem kultury (przyczynił się do napisania przez kanonika brzeskiego Piotra z Byczyny Kroniki książąt polskich).