Po zakończeniu II światowej pozostał we Lwowie. 8 grudnia 1945 został aresztowany wraz z kilkoma innymi jezuitami. Uznano go za głównego oskarżonego w procesie przeciwko duchownym lwowskim, którzy w czasie wojny pomagali AKИ.И. Осипова, „В язвах своих сокрой меня...”, s. 133.. 1 marca 1946 roku Trybunał Wojskowy Wojsk NKWD Obwodu Lwowskiego skazał go na 10 lat zesłania, konfiskatę majątku oraz 5 lat pozbawienia praw publicznych za przestępstwa z art. 54-1 a i 54-11 Kodeksu Karnego Ukraińskiej Socjalistycznej Republiki Sowieckiej (szpiegostwo i udział w organizacji terrorystycznej)И.И. Осипова, „В язвах своих сокрой меня...”, s. 136..
Początkowo przebywał w łagrze Solikamsk na Syberii, następnie w Spassku w Kazachstanie. Tam w ukryciu pracował jako duszpasterz więźniów. Od 1948 prowadzono przeciwko niemu postępowanie karne w związku z oskarżeniem o próbę organizacji buntu, ostatecznie nie zgromadzono jednak dostatecznych dowodów winy. 20 stycznia 1955 został zwolniony, początkowo zamieszkał w Dżezkazganie w Kazachstanie, następnie wyjechał do Lwowa. W 1955 ubiegał się o rehabilitację, ale jego prośba została odrzucona. Nie zdecydował się na powrót do Polski i uzyskał zameldowanie w Szczercu koło Lwowa. Tam niemal do śmierci pełnił funkcję proboszcza.