Prosił o sprawiedliwy osąd, nie uzasadniając w żaden sposób swoich wcześniejszych działań (przede wszystkim w kwestii przejazdu na ośle, gdyż przeprowadzoną chirotonię mógłby usprawiedliwić nadzwyczajną sytuacją panującą w Kościele). Jego postawa spodobała się carowi. Od 1661 r. był również locum tenens eparchii suzdalskiej, po usunięciu z tego urzędu biskupa Stefana, zwolennika Nikona. Postawie Stefana, który samowolnie opuścił swój sobór katedralny, poświęcony był sobór Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, który Pitirim prowadził w 1663 r.
Dzięki protekcji cara w sierpniu 1664 r. Pitirim został mianowany przez sobór biskupów metropolitą nowogrodzkim i wielkołuckim. Do Wielkiego Nowogrodu przybył w październiku tego samego roku. W lutym 1665 r. przewodniczył soborowi, który sądził metropolitę rostowskiego Jonasza za przyjęcie błogosławieństwa od Nikona już po jego odejściu z urzędu. Z jego inicjatywy rozebrano stare drewniane budynki w kompleksie rezydencji metropolity nowogrodzkiego i budynków administracyjnych eparchii, zastępując je nowymi, murowanymi. Wzniósł też nowe budynki gospodarcze. Polecił rozbudować cerkiew św.