Na potrzeby gry przygotowano przerywniki filmowe typu full motion video, łączące grę aktorską live action z grafiką komputerową.
Akcja gry rozgrywa się na rok po wydarzeniach z filmu Powrót Jedi i tym samym na cztery lata po zakończeniu wydarzeń z pierwszej części gry. Gra ukazuje dalszą historię Kyle’a Katarna pracującego dla Nowej Republiki w roli najemnika. W tej grze Kyle stawia czoło Jerecowi – mrocznemu Jedi, który przed laty zabił ojca Katarna. Jerec poszukuje bowiem „Doliny Jedi” – ogromnego źródła mocy, dzięki któremu mógłby stać się niepokonanym i zawładnąć galaktyką. Katarn wchodzi w posiadanie miecza świetlnego, po czym uczy się korzystać z Mocy i rozwijać w sztuce Jedi na drodze do powstrzymania Jereca przed opanowaniem galaktyki.
W grze możliwe są dwa zakończenia gry – zakończenie jasnej oraz ciemnej strony Mocy. Na finał gry wpływa sposób w jaki gracz wydaje zdobywane punkty Mocy w trakcie rozgrywki, które może przeznaczyć na umiejętności ciemnej lub jasnej strony mocy, a także na neutralne moce.