Słabniecie Korpusu i jego rozwiązanie Pod koniec XVI wieku, równolegle z porażkami wojennymi Imperium Osmańskiego, rozpoczął się proces słabnięcia dyscypliny janczarów, który postępował do końca istnienia jednostki. Oddziały zaczęły korzystać z grajków, żonglerów, akrobatów i skoczków. Żołnierze zaczynali nocować w domach poza koszarami, zaczęli się żenić, zajmowali się handlem i rzemiosłem oraz uczestniczyli w życiu cechów. Proces upadku dyscypliny dotyczył także innych formacji wojskowych.
Wśród przyczyn osłabienia militarnego korpusu wskazywanych przez ówczesnych autorów była zmiana sposobu rekrutacji janczarów, w wyniku czego Korpus utracił swoją jednorodność. W miarę wzrastania roli broni palnej, rosło zapotrzebowanie na nowych rekrutów. Szczególnie uwidoczniło się to w trakcie rządów Murada III, zwłaszcza podczas III wojny austriacko-tureckiej (1593–1606). Niewystarczająca liczba rekrutów doprowadziła do rozluźnienia zasad przyjmowania rekrutów i zezwolono Turkom i muzułmanom wstępować w szeregi armii.