Bolesławem Salomonem, miał przeprowadzić rozpoznanie na trasie Myszyniec-Ortelsburg-Allenstein. Podczas startu ich PZL.23B Karaś zwalił się na ziemię z wysokości kilku metrów ale załoga wyszła z tej kraksy bez obrażeń. Dwie godziny później Jarkowski dokonał rozpoznania po zaplanowane trasie w załodze z kpr. pil. Władysławem Illaszewiczem. W rejonie Chorzele-Przasnysz wykryli niemiecką kolumnę, w rejonie Allenstein zaatakowali bombami skupisko taborów. 4 września wykonał rozpoznanie na trasie Chorzele-Ortelsburg-Lötzen-Arys. Wyniki rozpoznania i wykonane zdjęcia dostarczył osobiście do sztabu SGO „Narew”, ale dowództwo nie zdecydowało się na zaatakowanie wykrytych celów. 6 września dowodził wyprawą bombową eskadry, która zaatakowała niemiecką kolumnę pancerną na szosie Janowo-Krzynowłoga oraz pod Różanem. Po ataku ZSRR na Polskę 18 września wydał swej załodze rozkaz przelotu do Czerniowiec na terenie Rumunii.
Udało mu się uniknąć internowania i przedostał się do Francji a następnie do Wielkiej Brytanii. Zgłosił się do służby w Polskich Siłach Powietrznych, otrzymał numer służbowy RAF 76745. Został skierowany na szkolenie do szkoły nawigatorów w Prestwick a następnie odbył szkolenia z zakresu bombardowania i strzelania powietrznego.