Po śmierci biskupa Piotra Kostki (25 stycznia 1595) kapituła wybrała go administratorem diecezji.
Już w 1588 ubiegał się o stanowisko opata w Pelplinie. Dzięki poparciu Krzysztofa Kostki, wojewody pomorskiego, i Stanisława Kostki, ekonoma malborskiego, został królewskim kandydatem na opata, wybranym przez konwent cystersów 29 października 1592. 15 listopada 1592 wybór został zatwierdzony przez biskupa Hieronima Rozdrażewskiego, który przekazał Kostce opactwo w komendę do czasu złożenia przezeń ślubów zakonnych. Z powodu sporu z innym pretendentem do opactwa, Krzysztofem Klińskim, porządkowania spraw majątkowych klasztoru, zarządzania (do 1602) dobrami kapituły chełmińskiej oraz administracją biskupstwa chełmińskiego po śmierci stryja, Mikołaj Kostka dopiero 3 kwietnia 1597 przywdział habit zakonny, 10 maja 1598 złożył uroczystą profesję, a 6 czerwca 1599 we Włocławku otrzymał benedykcję opacką.