Utrzymywała się głównie dzięki pracy na roli, połowom krewetek oraz wytwarzaniu mat.

Początki kariery zawodowej oraz odejście od katolicyzmu Pierwsze lata życia Manalo przypadły na burzliwy okres w historii archipelagu, w tym na rewolucję filipińską oraz wojnę amerykańsko-filipińską. W związku z tym odebrał jedynie bardzo ograniczoną formalną edukację. Zarabiał na życie imając się rozmaitych zajęć, był m.in. fryzjerem i fotografem. Zajmował się też wyrobem kapeluszy oraz złotnictwem. Część źródeł wskazuje jednocześnie, iż już jako nastolatek wykazywał zdolności przywódcze oraz umiejętności krasomówcze. W latach 90. XIX stulecia porzucił katolicyzm i rozpoczął poszukiwania odpowiadającej mu wspólnoty religijnej. Wpływ na pojawienie się u Manalo rozterek o duchowym charakterze mogła mieć atmosfera panująca w ówczesnej Manili. Filipińska stolica była bowiem wówczas miejscem sporów duchownych, należących do rozmaitych denominacji.