W 2017 roku w związku z zamknięciem kolei linowej z Eibsee na szczyt Zugspitze pociągi kursowały w 30-minutowym takcie, a jeden dodatkowy obieg obsługiwany był przez lokomotywę z wagonami. Obecnie pociągi kursują w takcie godzinnym z możliwym wzmocnieniem do taktu 30-minutowego, np. w czasie sezonu narciarskiego.
Na odcinku Garmisch–Grainau pociągi Zugspitzbahn noszą numer RB 64. Rozkład jazdy w sieciowym rozkładzie jazdy pociągów w Bawarii umieszczono w tabeli nr 964.
W pociągach Bayerische Zugspitzbahn na odcinku górskim obowiązuje wyłącznie taryfa własna BZB AG. Na odcinku w dolinie od Garmisch do Grainau obowiązują niektóre bilety sieciowe, jak np. Deutschland-Ticket czy Bayern-Ticket. W 2016 roku organizator transportu kolejowego na terenie Bawarii, spółka Bayerische Eisenbahngesellschaft mbH, powierzyła BZB AG prowadzenie pociągów na trasie Garmisch–Grainau do roku 2031 w wymiarze 40 000 pckm rocznie.