W roku 1600 pozostali regenci, wspierani przez Portugalczyków – dążących do tego, żeby Japonia została krajem chrześcijańskim – spiskują przeciwko Toranadze, który jako jedyny pozostał wierny Nakamurze i jego synowi.
Erasmus, statek pilotowany przez Anglika Johna Blackthorne’a, jako jedyny ze swojej floty dociera do Japonii, w świecie zachodnim znanej wówczas tylko Portugalczykom, którzy nawiązali z Japończykami relacje handlowe kilkadziesiąt lat wcześniej, za zgodą władców nawracając chętnych mieszkańców na chrześcijaństwo. Oficjalnie ekspedycję Blackthorne’a wysłano, żeby ustanowić nowe szlaki handlowe dla protestantów, ale Blackthorne otrzymał też list kaperski upoważniający do atakowania Portugalczyków. W Japonii losy żeglarza krzyżują się z drogami Toranagi, zmagającego się już z politycznymi rywalami, oraz Mariko – jego pochodzącej ze zhańbionego rodu poddanej, muszącej udowodnić swoją wartość oraz wykazać, komu jest lojalna.
Podobnie jak powieść Clavella, serial przedstawia fikcyjną wersję wydarzeń historycznych, które doprowadziły do powstania siogunatu Tokugawów. Postać Blackthorne’a jest luźno inspirowana angielskim nawigatorem Williamem Adamsem, który został samurajem służącym pod najpotężniejszym wówczas daimyō, Tokugawą Ieyasu, późniejszym siogunem.