Z uwagi na nawracające problemy zdrowotne, wielokrotnie był zwalniany z obowiązków i ostatecznie spędził w koszarach 147 dni, w okresie 1915–1918.

Po pobycie na froncie powrócił do San Giovanni Rotondo (gdzie został skierowany we wrześniu 1916 roku) i 20 września 1918 roku miał otrzymać stygmaty. Na polecenie prowincjała, informacja ta była ukrywana przed światem zewnętrznym, zwłaszcza przed mediami. Rany na ciele ojca Pio były badane przez wielu lekarzy, między innymi: Angela Merlę, Luigiego Romanelliego, Amica Bignamiego i Giorgia Festę, jednak żaden z nich nie potrafił postawić diagnozy. Nierzadko pojawiały się podejrzenia o samookaleczenie, a do tego dochodziły zarzuty o charakterze moralnym. Ze względu na charyzmatyczny styl głoszenia kazań, podczas odprawiania mszy, a także posługa w konfesjonale doprowadzająca do nawróceń sprawiły, że ojcem Pio zaczęli interesować się wierni spoza miasta, również z Rzymu. Odwiedzili go między innymi arcybiskup Anselm Edward John Kenealy oraz ojciec Agostino Gemelli. W czerwcu 1921 roku do klasztoru przyjechał oficjalny wizytator, konsultor Świętego Oficjum biskup Raffaele Carlo Rossi. Skutkiem wizytacji było wydanie dekretu 2 czerwca 1922 roku, zakazującego ojcu Pio kontaktów ze swoim kierownikiem duchowym, korespondencji oraz pokazywania ran.