Dodatkowo nakazano mu odprawiać msze o różnych godzinach i wydano propozycję przeniesienia go do innej prowincji zakonnej. 31 maja 1923 roku ukazał się kolejny dekret dementujący nadprzyrodzoność ran ojca Pio. 17 czerwca nakazano mu odprawiać mszę prywatnie w kaplicy klasztornej, jednak spowodowało to bunt wiernych, wobec czego zakaz został cofnięty jedenaście dni później. 17 sierpnia zrezygnowano także z zamiaru przeniesienia.
Kolejne wizytacje, w latach 1924–1928 przeprowadzili: abp Celestino Desio, kard. Bonaventura Cerretti, Luigi Besi, kard. Giulio Bevilacqua i kard. Giuseppe Bruno. Wszystkie zostały zaopiniowane pozytywnie, z zaznaczeniem konieczności zachowania ostrożności wobec kapucyna. 23 maja 1931 roku Kongregacja Świętego Oficjum wydała dekret, zakazujący ojcu Pio publicznej działalności kapłańskiej. Dwa lata później, 14 lipca 1933 roku, dzięki świadectwu przedstawionemu przez arcybiskupa Andreę Cesarano, kardynał Donato Raffaele Sbarretti zniósł ograniczenia dotyczące posługi kapłańskiej.