Po zakończeniu II wojny światowej chciał utworzyć grupy modlitewne, sprzeciwiające się relatywizmowi moralnemu, postępującej sekularyzacji, liberalizacji i systemom totalitarnym. Zachęcał do tworzenia małych Grup Modlitwy w kręgach rodzinnych i parafiach, do częstego uczestnictwa we mszy, przyjmowania Eucharystii i ofiarowania modlitw za Kościół i świat. Sformalizowane zasady Grup zostały po raz pierwszy opublikowane w 1951 roku, a w 1968 roku uznano je za stowarzyszenie kościelne.

Pomimo że miał wielu penitentów, był surowym spowiednikiem. Zdarzało mu się nie udzielać rozgrzeszenia ze względu na nieuczestniczenie we mszach czy brak żalu za grzechy, a także unieważnianie przeszłych spowiedzi. Zalecał częste przyjmowanie sakramentu pokuty i pojednania oraz posiadanie kierownika duchowego.

W 1960 roku jego działalność ponownie stała się obiektem wizytacji apostolskiej – tym razem przeprowadził ją Carlo Maccari. Wydano zalecenia, by ojciec Pio odprawiał msze o różnych godzinach i ograniczył działalność publiczną, a świeckim polecono by nie oddawali kapucynowi nadmiernej czci.