17 grudnia 1900 papież Leon XIII mianował go biskupem pomocniczym diecezji krakowskiej ze stolicą tytularną Irenopolis. Święcenia biskupie otrzymał 30 grudnia 1900 w Kościele Mariackim w Krakowie. Konsekrował go miejscowy biskup diecezjalny Jan Puzyna w asyście Józefa Webera, biskupa pomocniczego lwowskiego, i Józefa Sebastiana Pelczara, biskupa diecezjalnego przemyskiego. W 1901 został ustanowiony wikariuszem generalnym diecezji. W latach 1901–1912 piastował stanowisko rektora seminarium duchownego w Krakowie. Był głównym opiekunem Komitetu Ochrony dla Małych Dzieci, wiceprotektorem Towarzystwa Dobroczynności i radcą Arcybractwa Miłosierdzia. Wspierał tworzenie przytułków, sierocińców i ochronek, które następnie wizytował. Promował działalność sodalicji mariańskich i salezjanów, w 1905 udzielił święceń prezbiteratu późniejszemu prymasowi Augustowi Hlondowi. W ostatnich latach życia kardynała Puzyny sprawował faktyczne rządy w diecezji. W listopadzie 1911 został wybrany na wikariusza kapitulnego. Jego nominację na biskupstwo krakowskie poparli wszyscy ordynariusze galicyjscy na czele z arcybiskupem metropolitą lwowskim Józefem Bilczewskim.