przez pół roku uczył się u Theodora Meynerta w Wiedniu. W 1875 został Privatdozentem. Od 1876 do 1878 asystent w klinice neurologicznej Charité w Berlinie u Carla Westphala. Potem przez siedem lat prowadził własną praktykę neurologiczną w Berlinie. Od 1885 profesor nadzwyczajny psychiatrii we Wrocławiu i dyrektor tamtejszej Kliniki Psychiatrycznej.
Uczniami Wernickego byli m.in. Karl Bonhoeffer, Hugo Liepmann, Otfrid Foerster, Edmund Forster, Robert Gaupp, Kurt Goldstein, Karl Heilbronner, Max Kauffmann, Karl Kleist, Franz Max Albert Kramer, Heinrich Lissauer, Ludwig Mann, Richard Arwed Pfeifer, Bernard Sachs, Heinrich Sachs, Paul Schröder i Ernst Storch.
26 grudnia 1891 ożenił się z Elsbeth Retter (1874-?).
Zmarł 15 czerwca 1905 roku, dwa dni po wypadku któremu uległ podczas jazdy rowerem w Lesie Turyńskim, podczas którego doznał wielu złamań żeber i odmy opłucnowej. Jego prochy rozsypano w Gocie. Wspomnienia pośmiertne napisali Ernst Siemerling, Theodor Ziehen i Lewellys F. Barker. Autorami późniejszych opracowań biograficznych byli Hugo Liepmann, Karl Kleist i Kurt GoldsteinKurt Goldstein [w:] Webb Haymaker (ed.) Founders of Neurology. Springfield, Illinois, 1953: 406-409..