Wykorzystał ten czas na wyszkolenie swoich żołnierzy, wyposażenie ich w nowszą broń oraz modernizację jednostek medycznych i sanitarnych, zapobiegając tym samym epidemiom wśród Brazylijczyków. 25 lipca 1868 roku oddziały de Limy zajęły twierdzę Humaitá po tym, jak prezydentowi Paragwaju, Francisco Solano Lópezowi udało się zorganizować udany odwrót swoich wojsk.
Wykorzystując zdobytą przewagę, markiz zamiast przeprowadzać frontalny atak na linie obronne Lópeza umiejscowione na południe od Asunción wytyczył drogę omijającą nieprzyjacielskie fortyfikacje. Pozwoliło to oskrzydlić paragwajską armię i dało de Limie zwycięstwa w trzech kolejnych bitwach (Itororó, Avay i Lomas Valentinas). Spowodowało to ucieczkę Lópeza z wąską grupą zwolenników oraz zajęcie przez Brazylijczyków Asunciónu 1 stycznia 1869 roku.mały|De Lima w 1869 z szarfą Orderu Róży De Lima się starzał i nie czuł się na siłach, by ścigać Lópeza w głębi Paragwaju, dlatego poprosił o zgodę na dymisję lub udzielenie mu krótkiego urlopu. Choć jego prośba została odrzucona, mianował hrabiego Gastona d’Eu pełniącym obowiązki dowódcyGaston d’Orléans: Prince, Refugee and General i 19 stycznia 1869 roku wyjechał do Brazylii. Do Rio de Janeiro przybył bez zapowiedzi na początku lutego.