W maju 1807 roku doszło do buntu pomocniczych oddziałów janczarskich z garnizonu w Stambule (prawdopodobnie inspirowanego przez konserwatywne kręgi dworskie). Sułtan nie podjął próby użycia nowego wojska do stłumienia buntu i zgodził się na rozwiązanie korpusów Nızam-ı Cedid oraz zwolnienia reformatorów ze stanowisk. Mimo ustępstw został wrzucony do pałacowego więzienia i zdjęty z tronu w wyniku nałożonej na niego fatwy, a nowym sułtanem został Mustafa IV. Selim został zamordowany przez swoich strażników w lipcu 1808, zanim wojska Bayraktara Mustafy Paszy zdołały go uwolnić w trakcie marszu na Stambuł. Na tron wstąpił Mahmud II, kuzyn Selima i zwolennik reform.
Reformy Mahmuda II thumb|Mahmud II (1839 rok) Mahmud II wstąpił na tron w 1808 roku i był zwolennikiem reform Nızam-ı Cedid. W obliczu nieudanych reform Selima III zdecydował się na ostrożne podejście do reform wojskowych. Nie zarządził większej reformy piechoty, jednak popierał tworzenie małych i profesjonalnych oddziałów wojskowych (saperów, taborów, artylerii). Nominował na stanowiska oficerskie swoich ludzi.
Sułtan zadbał o przychylność ulemów (którzy wcześniej mieli znaczący wpływ na upadek poprzednich prób reformatorskich), przestrzegał tradycji i rytuałów religijnych.