Muzeum zostało założone 22 maja 1957 roku, a rozpoczęło działalność jako instytucja 1 czerwca tego roku. W lipcu muzeum otrzymało działkę o powierzchni 66 ha na wybrzeżu zatoki Kopli w osadzie , w granicach administracyjnych Tallinna. Muzeum zostało otwarte dla zwiedzających w sierpniu 1964 roku, po czym podlegało dalszej rozbudowie.
thumb|left|Karczma z Kolu podczas budowy w skansenie w 1972 Jednym z pierwszych obiektów muzeum była zagroda Sassi-Jaani z gminy Kullamaa, przeniesiona do muzeum w latach 1959–1960 i udostępniona w 1964 roku. Jej budynki spłonęły w 1984 roku na skutek podpalenia, ale z uwagi na ich wartość dla skansenu odbudowano je jako repliki. Znajduje się w nich wystawa poświęcona m.in. rodzajom budownictwa drewnianego w Estonii i technikom krycia dachów.
W 2025 roku obszar muzeum zajmował 72,22 ha, a na jego terenie znajdowały się 82 budynki. Ekspozycja podzielona jest na cztery obszary regionalne: Zachodnia Estonia, Północna Estonia, Południowa Estonia i Wyspy Estońskie. Budynki zgrupowane są w 12 zagrodach rozmieszczonych w sposób odpowiadający swoim regionom (w zachodniej i północnej Estonii: łańcuchowo, na wyspach grupowane wokół centrum wsi, a w południowej Estonii rozrzucone po terenie lub umieszczone ulicowo jak gospodarstwa z rejonu jeziora Pejpus).