Rozgrywka Wzorem poprzedniczek Assassin’s Creed: Shadows jest przygodową gra akcji, jednak w odróżnieniu od nowszych części serii Assassin’s Creed – Odyssey (2018) czy Valhalli (2020) – kładącą większy nacisk na aspekty skradankowe charakterystyczne dla pierwszych odsłon – Assassin’s Creed (2007) i Assassin’s Creed II (2009). Grę stworzono na ulepszonej wersji autorskiego silnika Ubisoftu Anvil, co umożliwiło zaimplementowanie szeregu usprawnień graficznych (np. dynamiczne oświetlenie), zwiększenie interakcji z otoczeniem (np. niszczenie przedmiotów) czy dodanie nowych mechanik rozgrywki, jak chociażby używanie , pozwalającej sprawniej dostać się w wyżej położone miejsca. Otwarty świat gry rozmiarem zbliżony jest do originsowego (2017), a postacie mogą przemierzać go pieszo i konno lub korzystać z do odblokowanych wcześniej punktów widokowych i kakureg. Do dyspozycji bohaterów oddano wiele rodzajów broni inspirowanych orężem charakterystycznym dla szesnastowiecznej Japonii.