4 września 1939 roku Wadowice zostały zajęte przez Wehrmacht. W październiku tegoż roku miasto wcielono do Rzeszy jako część rejencji katowickiej Prowincji Śląsk. W tym samym miesiącu Niemcy spalili wadowicką synagogę; jej ruiny rozebrano latem 1940 roku.
W listopadzie 1939 roku, na polecenie władz niemieckich, sformowano czteroosobowy Judenrat. Jego pierwszym przewodniczącym został Rubin Scharfer, kupiec i dotychczasowy prezes gminy żydowskiej w Wadowicach. Obok niego w składzie Judenratu znaleźli się: Bernard (Berysz) Wolf – kupiec, Eliasz Fiszgrund – przedwojenny sekretarz gminy żydowskiej, Kalman Proper – kasjer Banku Ludowego. W Wadowicach zorganizowano także żydowską służbę porządkową, której liczebność była niewielka. Na jej czele stał Mundek Leibler.
Scharfer szybko popadł w konflikt z Mojżeszem Merinem, przewodniczącym Centrali Gmin Żydowskich na Wschodnim Górnym Śląsku, który – dzięki niemieckiej protekcji – stał się zwierzchnikiem wszystkich żydowskich społeczności w regionie. Po rezygnacji Scharfera, przewodniczącym rady żydowskiej został Wolf. Przedstawicielem Merina w wadowickim Judenracie był Baruch Majerczyk (zwany przez ludność „komisarzem”).