Gra zawiera standardowe elementy RPG, jak m.in. system rozwoju postaci, struktura oparta na zadaniach (w tym poboczne), możliwość eksploracji świata gry czy zarządzanie ekwipunkiem. Większość obszarów świata gry, Britannii, jest zablokowana do momentu wykonania określonych zadań, co ogranicza początkowy zakres eksploracji dostępny dla gracza.
Bohater ma trzy podstawowe cechy: siłę, mądrość i zręczność, które wpływają na liczbę punktów życia, many oraz biegłość w posługiwaniu się różnymi rodzajami broni, których wprowadzono ponad 40, jak np. broń biała i dystansowa (łuki). W grze pojawiają się też różne zaklęcia, a także istnieje możliwość wykonywania mikstur.
W Ultimie IX gracz ma możliwość walki z ponad sześćdziesięcioma rodzajami stworzeń i potworów. Walka odbywa się w czasie rzeczywistym.
Możliwa jest także manipulacja dużą częścią obiektów w grze, m.in. grając na klawesynie, piekąc chleb czy wykonując inne drobne czynności.