Fabuła Na początku Ultimy IX, Avatar (pol. Awatar) powrócił na Ziemię, zanim ponownie wrócił do Britannii. Gra zaczyna się tuż po zakończeniu , w której Avatar zostaje przeniesiony do Britannii kontrolowanej przez Guardiana (pol. Strażnik). Przybywa na górę z widokiem na twierdzę Guardiana w Terfin. Avatar zostaje następnie przetransportowany do Stonegate przez wieszcza Hawkwinda, który informuje go, że w całej krainie pojawiły się wielkie kolumny, a ich złowrogi wpływ stał się przyczyną plag, głodu i innych klęsk żywiołowych. Pod ich wpływem mieszkańcy Britannii wypaczyli również cnoty. Guardianowi pomaga Lord Blackthorn, który przewodzi oddziałami (ang. Wyrmguards) i zmusza ludzi do posłuszeństwa Guardianowi.
Z biegiem czasu Avatar dowiaduje się, że Guardian ukradł Runy Cnót (ang. Runes of the Virtues) i przemienił je w glify tworzące serce każdej z kolumn. Większość gry polega na przemierzaniu lochów w celu odzyskania glifów oraz odwiedzaniu Świątyń Cnót (ang. Shrines of the Virtues), aby medytować i je oczyścić. Po drodze Avatar napotyka piratkę Raven, która zostaje jego towarzyszką. Ostatecznie okazuje się, że Guardian to nic innego, jak mroczna strona samego Avatara, a jedynym sposobem na uratowanie Britannii jest wzniesienie się Avatara na wyższy poziom, zabierając ze sobą Guardiana.