Po zwolnieniu z wojska mieszkał w Zakopanem i prowadził „Zakład Roentgenologiczny” w willi „Marilor” przy ul. Kościuszki. Wspólnie z Olgierdem Sokołowskim wykonywał pierwsze zdjęcia kimograficzne płuc. Wybuch wojny uniemożliwił im zrealizowanie planów leczenia gruźlicy płuc odmą na Kasprowym Wierchu (około 2000 m npm). Praktykę lekarską łączył z działalnością społeczną w Związku Strzeleckim, Sokole, Związku Oficerów Rezerwy RP i Związku Lekarzy Państwa Polskiego.
W czasie II wojny światowej byl lekarzem Tajnej Organizacji Wojskowej „Związek Orła Białego”, a następnie szefem placówki ZWZ w Zakopanem. Aresztowany przez Niemców, został 17 kwietnia 1941 zamordowany w siedzibie zakopiańskiego Gestapo. Pochowany prawdopodobnie we wspólnej mogile w Chochołowie wraz z innymi aresztowanymi członkami walki podziemnej.
Był kawalerem, dzieci nie miał. thumb|160px|Portret Hugona Karwowskiego autorstwa Witkacego. Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 6935 – 10 maja 1922 Krzyż Niepodległości – 13 września 1933 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości” Krzyż Walecznych dwukrotnie Złoty Krzyż Zasługi Odznaka Pamiątkowa Więźniów Ideowych Krzyż Kaniowski Odznaka pamiątkowa „Krzyż Północy” Medal Zwycięstwa