W parowiec trafiła jedna z nich, eksplodując na wysokości ładowni nr 2 z lewej burty, po czym jednostka nabrała przechyłu na prawą burtę, a jej licząca 57 osób załoga (wraz z pięcioma artylerzystami i sześcioma pasażerami) po nadaniu sygnału SOS rozpoczęła przygotowania do opuszczenia statku. O godzinie 02:57 U-Boot wystrzelił jeszcze jedną torpedę typu G7e, która trafiła w prawą burtę dokładnie w środek ładowni nr 3 i spowodowała zatonięcie „Merciera” po około 20 minutach na pozycji . W wyniku ataku kapitan i sześciu członków załogi zginęło, a sześciu zostało rannych. Ocaleli opuścili statek na dwóch łodziach ratunkowych i zostali uratowani przez dwa fińskie parowce: 15 czerwca 35 rozbitków podjął „Hammarland”, a dwa dni później drugą łódź z 26 osobami na pokładzie odnalazł „Kemi”.
Od 16 do 20 czerwca okręt przyporządkowany był do wilczego stada . 27 czerwca U-204 dopłynął do bazy w Breście, spędzając w morzu 35 dni.