W początku kwietnia 1938 powrócił do Olimpii, gdzie dzięki poparciu Heinricha Himmlera został razem z Emilem Kunzem kierownikiem wykopalisk, które finansował Adolf Hitler z własnych funduszyLehmann 2012, s. 208.. W 1939 wstąpił do Waffen-SS i od 10 września 1939 do listopada tego roku służył ochotniczo w Batalionie Zapasowym Artylerii SSLehmann 2012, s. 211.. W trakcie służby w SS sukcesywnie awansował i pod koniec 1944 lub w pierwszych miesiącach 1945 osiągnął najwyższy w karierze stopień standartenführeraLehmann 2012, s. 214.. 1 grudnia 1939 r. mianowano go „Głównym zarządcą ds. zabezpieczenia niemieckich dóbr kultury” na obszarze Okręgu Rzeszy PoznańSzczepański 2009, s. 54.. Na tym stanowisku zajmował się m.in. grabieżą polskich kolekcji muzealnych i naukowych w Wielkopolsce, przy czym oprócz konfiskat na rzecz niemieckich instytucji zlecał również niszczenie części zbiorów, np. zniszczono lub zagrabiono na jego polecenie przeszło 25% zbiorów biblioteki Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. Uczestniczył również w prześladowaniu pracowników polskich jednostek naukowych i kulturalnychSzczepański 2009, s. 55.. Ponadto w latach 1940–1942, z przerwami, badał Biskupin. W marcu i kwietniu 1941 r. służył w Leibstandarte SS Adolf HitlerLehmann 2012, s. 211..