Rozmieszczenie w błonach i asymetria W komórkach eukariotycznych fosfatydyloseryna jest na ogół utrzymywana głównie w wewnętrznej (cytoplazmatycznej) warstwie błony komórkowej dzięki działaniu enzymów typu „flippase”, natomiast jej szybkie „wyrównanie” między warstwami może zachodzić po aktywacji białek typu „scramblase”. Utrata asymetrii i pojawienie się fosfatydyloseryny po zewnętrznej stronie błony jest ważnym sygnałem fizjologicznym, m.in. w apoptozie i podczas aktywacji płytek krwi.
Biosynteza i przemiany W komórkach ssaków fosfatydyloseryna jest syntetyzowana w siateczce śródplazmatycznej w reakcjach wymiany zasady (tzw. base-exchange), w których substratami są fosfatydylocholina lub fosfatydyloetanolamina, a produkt może być dalej przekształcany (m.in. poprzez dekarboksylację do fosfatydyloetanoloaminy). U drożdży opisano m.in. niewezykularny transport fosfatydyloseryny z siateczki śródplazmatycznej do miejsc działania dekarboksylazy fosfatydyloseryny w obrębie aparatu Golgiego/endosomów, związany z kontaktami między błonami organelli.