Diagnostyka Podstawą rozpoznania kandydozy przełyku jest obraz endoskopowy w badaniu panendoskopowym, w którym stwierdza się białawe naloty na zmienionej zapalnie błonie śluzowej przełyku; nasilenie zmian może obejmować także nadżerki i owrzodzenia. Etiologię potwierdza się badaniami mikologicznymi materiału pobranego podczas endoskopii (m.in. wymaz szczoteczkowy do badania mikroskopowego i posiewu z identyfikacją gatunkową oraz oznaczeniem lekowrażliwości), a w razie potrzeby także badaniem histopatologicznym wycinków, zwłaszcza w przypadkach nietypowych, nawrotowych lub opornych na leczenie. Jednak samo wyhodowanie Candida (bez typowych zmian klinicznych/endoskopowych) może tylko oznaczać obecność i nie przesądza o rozpoznaniu zakażenia.
U chorych z typowymi objawami w warunkach immunosupresji dopuszcza się podejście oparte na próbie leczenia przeciwgrzybiczego przed wykonaniem endoskopii;