W razie nieskuteczności leczenia flukonazolem lub podejrzenia/oporności gatunkowej stosuje się inne leki azolowe (np. itrakonazol w roztworze, worykonazol) albo echinokandyny; w części opracowań dla pacjentów wymieniano także pozakonazol jako lek drugiego rzutu w trudniejszych sytuacjach klinicznych. U osób z czynnikami ryzyka istotne jest równoległe leczenie choroby podstawowej; u chorych na AIDS podkreśla się znaczenie terapii antyretrowirusowej w ograniczaniu nawrotów zakażeń śluzówkowych.
Rokowanie zależy od stanu ogólnego chorego i chorób współistniejących, ponieważ kandydoza przełyku często dotyczy osób z ciężkimi schorzeniami towarzyszącymi. U pacjentów z utrwalonym niedoborem odporności zakażenie może nawracać, a wdrożenie skutecznej terapii antyretrowirusowej w zakażeniu HIV wiąże się ze spadkiem częstości kandydozy przełyku oraz zakażeń nawrotowych.
Powikłania Przy prawidłowo dobranej terapii przeciwgrzybiczej możliwe jest ustąpienie zakażenia; powikłania opisywano jako rzadkie.