Andrzej Kownacki prowadził również wieloletnie badania składu, struktury i funkcjonowania zespołów fauny dennej lub tylko Chironomidae, w rozmaitych potokach Beskidów, Małych Pienin, jak i w Górnej Wiśle i jej dopływach (Raba, Dunajec). Ważnym aspektem tych badań była ocena wpływu antropopresji na zespoły fauny dennejKownacki A., Szarek-Gwiazda E., Ligaszewski M., Urban J. 2020. Communities of freshwater macroinvertebrate and fish in mountain streams and rivers of the upper Dunajec catchment (Western Carpathians) including long-term human impact. In: Ewa Korzeniewska, Monika Harnisz (Eds) Polish River Basins and Lakes – Part II. The Handbook of Environmental Chemistry. Springer International Publishing..
W latach 1999–2004 współorganizował, wraz z pracownikami Instytutu Ochrony Środowiska w Warszawie, badania mające na celu dostosowanie metod oceny jakości wód płynących w Polsce (na podstawie bezkręgowców bentosowych) do wymogów Unii EuropejskiejKownacki A., Soszka H., Fleituch T., Kudelska D., [eds.] 2002. River Biomonitoring and Benthic lnvertebrate Communitie (Monograph). Institute of Environmental Protection, Warsaw, Karol Starmach Institute of Freshwater Biology, Polish Academy of Sciences, Kraków, Kraków, Warszawa: 1-88..