Uczestniczył także w międzynarodowym projekcie poświęconym temu zagadnieniu: „STAR – Standarisation of river classifications: Framework method for calibrating different biological survey results against ecological quality classifications to be developed for the Water Framework Directive” (lata 2002–2004) związanym z wdrażaniem ramowej dyrektywy wodnej UE.
Od 2004 roku prowadził wieloletnie badania dotyczące wpływu czynników stresu środowiskowego na zespoły makrobezkręgowców bentosowych oraz na zmiany cytogenetyczne u larw ChironomidaeSzarek-Gwiazda E., Kownacki A., Michailova P., Ilkova J., Pociecha A., Ciszewski D. 2020. Does the subfossil Chironomidae in sediments of small ponds reflect changes in westewater discharges from a Zn-Pb mine? Quaternary International 562: 94-103.. Dotyczyły one głównie ekosystemów wodnych narażonych na oddziaływanie metali ciężkich, szczególnie w rejonie dawnych lub aktywnych kopalni cynku i ołowiu. W jednym z takich środowisk znaleziono nowy dla nauki gatunek Michailova, Kownacki, Langton 2013. Od roku 2014 kierował badaniami dotyczącymi analizy cech morfologicznych wybranych gatunków Chironomidae z wykorzystaniem skaningowej mikroskopii elektronowej (SEM), rzadko stosowanej w badaniach tej grupy owadówKownacki A., Szarek-Gwiazda E., Woźnicka O. 2015.