Spór rozpoczął się już w 1632 roku, gdy matka przełożona, powołując się na prawa własności do kaplicy klasztornej, nakazała jezuitom jej opuszczenie. W wyniku mediacji z przedstawicielami biskupa zawarto ugodę, która potwierdzała prawa własności brygidek, dopuszczając jednak dalsze użytkowanie kaplicy przez jezuitów. W 1638, dążąc do realizacji swoich planów, Barbara podjęła decyzję o rozebraniu dotychczasowej kaplicy, ostatecznie usuwając jezuitów.
Zakon Najświętszego Zbawiciela św. Brygidy w Gdańsku stał się wówczas jedynym podwójnym klasztorem tej reguły w Rzeczypospolitej. Konflikt z jezuitami ponownie zaostrzył się w 1641, gdy matka Barbara nie zezwoliła im na głoszenie kazań z ambony w kościele św. Brygidy. Po licznych odwołaniach w 1649 Rota Rzymska rozstrzygnęła spór na korzyść jezuitów. Ksieni zaskarbiła sobie jednak przychylność protestanckich władz Gdańska i konsekwentnie odpierała wszelkie roszczenia jezuitów, nie ustępując nawet pod groźbą ekskomuniki. W 1648 doprowadziła do zakończenia odbudowy zachodniego („męskiego”) skrzydła klasztoru brygidek.