Kolejne ciężkie nieszczęście nastąpiło w 1496 roku. Długotrwałe opady deszczu w sierpniu doprowadziły do zniszczenia niemal całych zbiorów oraz poważnych szkód w zabudowaniach. Współczesny kronikarz wiązał te wydarzenia z interdyktem nałożonym przez biskupa na dekanat świdnicki. Kara ta miała być konsekwencją bezprawnego uwięzienia księdza Tomasza w Peukendorf przez przedstawicieli miejscowej szlachty.
W 1497 roku niemal cały Śląsk został dotknięty epidemią dżumy, prawdopodobnie będącą następstwem wcześniejszych powodzi. W samej Świdnicy i jej okolicach zmarło blisko 5000 osób. Wielu mieszkańców opuściło miasto, tym bardziej że zaraza utrzymywała się przez około dwa lata.
Pomimo trudnych warunków opat Jan III prowadził aktywną politykę gospodarczą, powiększając dobra klasztorne poprzez zakup i zamianę pól, czynszów pieniężnych oraz zbożowych. W sobotę przed uroczystością Trójcy Świętej w 1496 roku probostwo w Cieplicach otrzymało dziedziczną ziemię Hansa Nymptscha w Hellwigsdorf o powierzchni dziewięciu prętów.
Spór o Strzegom Na początku XVI wieku klasztor w Krzeszowie prowadził spór prawny z klasztorem klarysek w Strzelinie. Przedmiotem konfliktu była połowa wsi Strzegom koło Strzelina wraz z sołectwem.