Współpraca z Agassizem w Neuchâtel Od 1836 roku Gressly przez kilka lat przebywał głównie w Neuchâtel, gdzie wraz z Carlem Vogtem i działał jako współpracownik Louisa Agassiza. Agassiz zwrócił uwagę na bogatą i starannie uporządkowaną kolekcję skamieniałości Gressly’ego i zaprosił go do Neuchâtel. We wstępie do swojej monografii rodzaju małży Mya Agassiz stwierdził, że większą część materiału do tej pracy zawdzięcza Gressly’emu. Nowo odkryty rodzaj kopalnych małży Agassiz nazwał Gresslya na cześć swojego asystenta.

Gressly nigdy jednak nie poczuł się w Neuchâtel jak u siebie. W liście ze stycznia 1845 roku do profesora Schlattera w Solurze pisał: „Neuchâtel wydaje mi się bardziej martwe i pozbawione smaku niż kiedykolwiek i bez Agassiza z trudem spędziłbym tu noc”. W marcu tego samego roku opuścił miasto. Na dłużej wrócił tam dopiero latem 1855 roku i pozostał przez kolejnych osiem lat. Gressly rozczarował się też do Agassiza, którego początkowo podziwiał jako wzór. Emigrując do Stanów Zjednoczonych, Agassiz zabrał kilka najpiękniejszych okazów z kolekcji Gressly’ego. Nie jest przy tym jasne, na ile było to z nim uzgodnione.