Jeszcze zanim NASA oficjalnie rozpoczęła działalność w październiku, Gilruth zaprosił Krafta do nowej grupy zajmującej się problemami wyniesienia człowieka na orbitę. Kraft bez większego wahania przyjął ofertę. Gdy 5 listopada oficjalnie utworzono Space Task Group, Kraft znalazł się wśród pierwszych 33 członków zespołu, z których 25 było inżynierami. Oznaczało to początek amerykańskiego programu wyniesienia człowieka w kosmos, nazwanego programem Mercury.
Jako członek Space Task Group Kraft został przydzielony do wydziału operacji lotów, który planował i organizował zarówno działanie statku Mercury podczas lotu, jak i kontrolę oraz monitorowanie misji z Ziemi. Wraz z Gilruthem, Waltem Williamsem i Chuckiem Mathewsem – podobnie jak Kraft wywodzącym się z wydziału badań w locie w Langley – stanowił rdzeń zespołu operacji lotów programu Mercury. Został asystentem Mathewsa, szefa wydziału, i otrzymał zadanie opracowania planu misji. Gdy Kraft przystępował do planowania operacji lotów NASA, żaden człowiek nie odbył jeszcze lotu w kosmos. Stojące przed nim zadanie było ogromne.