Wymagało uwzględnienia planów lotu, harmonogramów, procedur, reguł misji, śledzenia statku, telemetrii, wsparcia naziemnego, sieci telekomunikacyjnych oraz zarządzania sytuacjami awaryjnymi.
mały|Centrum Kontroli Misji w czasach programu Mercury Istotnym wkładem Krafta w załogowe loty kosmiczne było stworzenie koncepcji centrum kontroli misji. Wielu inżynierów programu Mercury pracowało wcześniej przy lotach doświadczalnych, gdzie rola wsparcia naziemnego była minimalna. Kraft szybko zdał sobie sprawę, że możliwości astronauty są ograniczone, zwłaszcza w błyskawicznie przebiegającej fazie startu, oraz że statek Mercury będzie wymagał monitorowania w czasie rzeczywistym i wsparcia ze strony wyspecjalizowanych inżynierów. Kolejną pionierską koncepcją Krafta był pomysł dyrektora lotu – osoby koordynującej zespół inżynierów i podejmującej w czasie rzeczywistym decyzje dotyczące przebiegu misji. Jak wspominał później Mathews, Kraft przyszedł do niego pewnego dnia, mówiąc: „Ktoś musi dowodzić lotami w trakcie ich trwania, i ja chcę być tą osobą”. W ten nieformalny sposób powstało stanowisko dyrektora lotu. W lutym 1960 roku Walt Williams wraz z Chuckiem Mathewsem formalnie mianowali Krafta dyrektorem lotu programu Mercury. Zakres władzy tego stanowiska Kraft podsumował później słowami: „W trakcie misji jestem Flight.