5 stycznia 1922, podczas burzliwego posiedzenia rady miejskiej, ogłosił rezygnację, oficjalnie tłumacząc ją stanem zdrowia. W odpowiedzi na to radny Narcyz Putz ogłosił, że razem z prezydentem większość rady rezygnuje z mandatów, jednak prezydent sprzeciwił się tej decyzji. Poparcie dla Łukowskiego wyraziła także radna Stefania Tuchołkowa. Radni Tadeusz Janicki i Wincenty Banach zasugerowali, aby Łukowski wziął urlop, podczas gdy powołana zostanie komisja, która wyjaśnić stawiane mu zarzuty. Prezydent jednak decyzji nie zmienił; przesłał swoją rezygnację do wojewody, który następnie przekazał ją ministrowi Józefowi Wybickiemu. 9 stycznia Łukowski przekazał obowiązki prezydenta Tadeuszowi Chmielarskiemu, sam zaś rozpoczął urlop. Jan Teska na łamach Dziennika bydgoskiego podsumował jego prezydenturę:
Tymczasem rada miasta powołała komisję śledczą, mającą wyjaśnić przeszłość byłego prezydenta. 16 lutego na tajnym posiedzeniu rady Łukowskiemu zarzucono sfałszowanie życiorysu, wykształcenia oraz zatajenie kary więzienia.