Klasztor stał się jednym z głównych ośrodków życia religijnego w Piranie. Zakonnicy sprawowali posługę duszpasterską, przyjmowali ofiary i zapisy testamentowe, odprawiali nabożeństwa za zmarłych oraz prowadzili działalność kaznodziejską i edukacyjną.
Znaczenie wspólnoty potwierdzają liczne pirańskie testamenty, w których mieszkańcy przekazywali klasztorowi pieniądze, nieruchomości lub dobra ruchome. Franciszkanie byli obecni w życiu miasta niezależnie od głównej parafii św. Jerzego i działających w Piranie bractw religijnych.
W 1500 roku gwałtowne opady doprowadziły do zalania dolnych pomieszczeń klasztoru i archiwum przechowywanego w zakrystii. Katastrofa mogła spowodować zniszczenie części dokumentacji odnoszącej się do najwcześniejszej historii wspólnoty.
W 1518 roku Vittore Carpaccio namalował dla kościoła obraz Madonna na tronie z Dzieciątkiem i sześcioma świętymi. Dzieło należy do najważniejszych przykładów malarstwa weneckiego związanego z Piranem i było centralnym elementem wyposażenia jednego z ołtarzy.
Wizytacja kościelna z 1579 roku wymieniała w świątyni ołtarz główny św. Franciszka oraz dziewięć ołtarzy bocznych, poświęconych m.in. św. Mikołajowi, św. Antoniemu z Padwy, św. Sebastianowi, św. Andrzejowi i św. Hieronimowi.