Kościół posiadał wówczas dzwonnicę, organy i duży krucyfiks.
Przebudowy barokowe
Największe przekształcenia zespołu przeprowadzono od końca XVII do drugiej połowy XVIII wieku. Prace nadały klasztorowi i kościołowi przeważającą część ich obecnego barokowego charakteru.
W 1694 roku przed wejściem do klasztoru wzniesiono monumentalny kamienny portal. Został ozdobiony kolumnami, belkowaniem, inskrypcjami i herbami, a jego forma podkreślała rangę wspólnoty zakonnej w mieście.
thumb|left|280px|Krużganek klasztorny
W pierwszej połowie XVIII wieku zbudowano obecny krużganek. Prace ukończono około 1735 roku, tworząc regularny wewnętrzny dziedziniec otoczony arkadowymi korytarzami.
W 1750 roku na dziedzińcu wzniesiono kamienną studnię lub zbiornik służący do czerpania wody deszczowej. Obiekt stanowi centralny element kompozycji krużganka.
Około 1730 roku przebudowano również kościół. Przekształcono sklepienia, arkady kaplic bocznych, łuk tęczowy i wystrój prezbiterium, a w 1731 roku wykonano barokowy portal prowadzący z krużganka do nawy.
W czwartej dekadzie XVIII wieku zamontowano nowe stalle chórowe, dostosowane do przebudowanego prezbiterium.