Kolejną ważną inwestycją było wykonanie w 1787 roku nowego ołtarza głównego.
Okres napoleoński i XIX wiek
Po likwidacji Republiki Weneckiej Piran znalazł się kolejno pod panowaniem austriackim i francuskim. W 1806 roku władze Królestwa Włoch zależnego od Napoleona rozpoczęły likwidację klasztorów franciszkańskich na Istrii.
Zamknięto wówczas klasztory m.in. w Koprze, Poreču, Vodnjanie, Puli i Muggii. Klasztor pirański jako jedyny klasztor franciszkanów konwentualnych na Istrii uniknął likwidacji i przyjął część zakonników oraz wyposażenia z rozwiązanych wspólnot.
Do Piranu przeniesiono wówczas obrazy, księgi, dokumenty, wyposażenie liturgiczne i inne zabytki pochodzące zwłaszcza z klasztoru św. Franciszka w Koprze. W rezultacie klasztorne zbiory nabrały znaczenia wykraczającego poza historię samego Piranu.
W XIX wieku przeprowadzono kolejne remonty kościoła i zabudowań. Dzwonnica otrzymała w 1715 roku obecną wysokość, natomiast jej elewacje oraz fasadę kościoła odnawiano również w kolejnych stuleciach.
Prace przy fasadzie kościoła w XIX wieku prowadzono pod kierunkiem Giovanniego Righettiego, architekta i konserwatora działającego w Trieście oraz miastach austriackiego Pobrzeża.