W wyniku restauracji zewnętrzna forma świątyni otrzymała część obecnych cech historyzujących.
XX wiek
Do 1949 roku klasztor należał do włoskiej prowincji weneckiej franciszkanów konwentualnych. Po zmianach granic i przemianach ludnościowych włoscy zakonnicy opuścili Piran, zabierając część cennego wyposażenia kościoła i klasztoru.
Część wywiezionych dzieł została później ujęta w dokumentacji dotyczącej dóbr kultury pochodzących z Kopru, Izoli i Piranu, które pozostały we Włoszech. Problem własności i ewentualnej restytucji niektórych obiektów stał się przedmiotem badań konserwatorskich i historycznych.
W 1954 roku komunistyczne władze Jugosławii znacjonalizowały klasztor. W jego budynkach urządzono zakład lub dom opieki, natomiast część pomieszczeń klasztornych przystosowano do nowych funkcji użytkowych.
Podczas adaptacji zamurowano fragment krużganka przylegający do kościoła. W 1961 roku, na żądanie służb konserwatorskich, późniejsze przegrody usunięto i przywrócono pierwotną komunikację pomiędzy częściami zespołu.
W 1975 roku klasztor został objęty ochroną jako zabytek kultury. W kolejnych latach prowadzono badania architektoniczne i konserwatorskie, w wyniku których odkryto m.in.