Strome zbocza, duża głębokość i niewielka powierzchnia płytkich stref przybrzeżnych są charakterystyczne dla jego polodowcowego pochodzenia.
Niecka jeziora dzieli się na dwa główne baseny. Południowa część w pobliżu Obertraun jest płytsza i wypełniana osadami nanoszonymi przez Traun, natomiast część północna obejmuje zasadniczy, głęboki basen jeziorny. Oba obszary rozdziela podwodne wyniesienie związane z deltą rzeczną.
Strome otoczenie jeziora sprzyjało powstawaniu osuwisk, obrywów skalnych i podwodnych ruchów masowych. Ich ślady zachowały się w osadach dennych, umożliwiając odtwarzanie historii katastrof naturalnych w regionie Hallstatt i Dachsteinu.
Stosunki wodne Powierzchnia zlewni Hallstätter See wynosi około 646 km². Najważniejszym dopływem jest Traun, która wpływa do jeziora od południa w Obertraun. Rzeka odprowadza wody m.in. z obszaru doliny Koppen, Ausseerlandu i południowo-wschodnich stoków Dachsteinu.
Do mniejszych dopływów należą Waldbach i Mühlbach uchodzące w rejonie Hallstatt oraz potoki spływające ze zboczy Sarsteinu. Część cieków ma charakter górski i wykazuje duże wahania przepływu związane z roztopami oraz intensywnymi opadami.