Traun wypływa z północnego krańca jeziora koło Steeg i płynie dalej przez Bad Goisern, Bad Ischl, Traunsee oraz Wels do Dunaju. Średni odpływ z jeziora wynosi około 35,4 m³/s, a teoretyczny czas całkowitej wymiany jego wód około pół roku.
Hallstätter See jest jeziorem holomiktycznym i dimiktycznym. Oznacza to, że jego wody ulegają pełnemu mieszaniu zwykle dwa razy w roku, wiosną i jesienią, natomiast latem i zimą występuje stratyfikacja termiczna.
Poziom jeziora jest regulowany przez zabudowania hydrotechniczne na odpływie Traunu w Steeg. Urządzenia te wywodzą się z historycznej infrastruktury służącej regulowaniu transportu drewna i solanki w systemie wodnym Salzkammergutu.
Jakość wód Hallstätter See jest jeziorem oligotroficznym, charakteryzującym się niewielką zawartością substancji odżywczych i stosunkowo małą produkcją biologiczną. Według austriackiego atlasu jezior jego naturalnym stanem troficznym jest oligotrofia, a badania prowadzone w pierwszej dekadzie XXI wieku wykazywały bardzo małe odchylenie od warunków referencyjnych.