Pochodzenie i wykształcenie stwierdza wprost, że nie wiadomo, kiedy ani gdzie w Szkocji Szkot się urodził. Wiązano go z rodziną Scottów z Balwearie pod Kirkcaldy w Fife, lecz już John Ferguson zauważył, że tradycja ta jest nowożytna i że związek Szkota z Balwearie pozostaje wątpliwy. Według dawniejszej tradycji, powtarzanej jeszcze przez Encyclopædia Britannica z 1911 roku, miał uczyć się kolejno w w Durham, w Oksfordzie i w Paryżu. Nowsze opracowania uznają jednak miejsca jego edukacji za niepewne. W 1227 roku papież Grzegorz IX opisał go jako „pałającego od dzieciństwa umiłowaniem nauki”, a używany powszechnie tytuł „mistrz Michał Szkot” wskazuje, że uzyskał na którymś z uniwersytetów stopień magistra i najpewniej sam potem nauczał. Tytuł miał zawdzięczać kontaktom z Paryżem, poświadczonym dedykacją jednego z przekładów dla Stefana z Provins, członka późniejszej paryskiej komisji do oceny pism Arystotelesa. Thorndike przypuszczał, że w 1230 roku wykładał tam, komentując traktat Jana z Holywood.