Początkowo planowano założenie drugiego polskiego klasztoru karmelitów bosych w Kazimierzu Dolnym. Ostatecznie zakonnicy uznali Lublin za miejsce bardziej odpowiadające ich działalności apostolskiej. Szczególne znaczenie miało jego położenie jako ważnego ośrodka administracyjnego, handlowego i religijnego oraz obecność silnych środowisk protestanckich.
29 kwietnia 1610 roku rada miejska dokonała formalnej fundacji karmelitów bosych przy kościele Świętego Ducha. Zakonnicy otrzymali prawo korzystania ze świątyni oraz część zabudowań należących do miejscowego szpitala. Fundację zatwierdziła następnie Stolica Apostolska, a 22 lipca 1610 roku król Zygmunt III Waza.
Wspólne użytkowanie kościoła Świętego Ducha przez zakonników i prepozyta szpitalnego prowadziło jednak do sporów. W czasie wizytacji klasztoru w 1612 roku definitor generalny o. Anioł od Jezusa i Maryi wyraził zgodę na podjęcie budowy własnej świątyni.
Budowa kościoła Decyzja o wzniesieniu kościoła zapadła wiosną 1612 roku. Rada miasta przekazała karmelitom dodatkowy teren od strony Bramy Krakowskiej, umożliwiając realizację zamierzenia.