Murowany kościół powstał w latach 30. XVIII wieku. Został ustawiony na osi wschód–zachód, z fasadą zwróconą w stronę Krakowskiego Przedmieścia. Za kościołem, od zachodu, znajdowały się zabudowania klasztorne i szpitalne, a w sąsiedztwie również ogród i cmentarz.

Bonifratrzy prowadzili w Lublinie działalność szpitalną, zgodnie z podstawowym charyzmatem zakonu, którym była opieka nad chorymi. Kościół pełnił funkcję świątyni klasztornej i szpitalnej.

Architektura Murowany kościół Bożego Ciała był stosunkowo niewielką, jednonawową budowlą. Posiadał węższe od nawy prezbiterium zamknięte prostą ścianą. Jego fasada skierowana była na wschód i zamykała perspektywę Krakowskiego Przedmieścia.

Badania archeologiczne wykazały, że świątynię posadowiono częściowo na wcześniejszych nasypach i elementach nowożytnych umocnień miasta. Jej układ różnił się od przypuszczalnej orientacji wcześniejszego, drewnianego kościoła.

Nie zachował się szczegółowy widok świątyni. Jej formę można rekonstruować przede wszystkim na podstawie opisów archiwalnych, dawnych planów oraz odkrytych fundamentów.